Его отцом был Уильям Бекфорд, разбогатевший на колониальной торговле и дважды избранный лорд-мэром Лондона. Мать происходила из знатного шотландского рода Гамильтонов. Крестным отцом мальчика стал знаменитый государственный деятель Уильям Питт-старший.
Пятилетним он встретился в Лондоне с Моцартом, где они в четыре руки сыграли на фортепиано. Живопись Бекфорду преподавал художник Александр Козенс. В десятилетнем возрасте Бекфорд унаследовал от умершего отца состояние в миллион фунтов стерлингов, поместье Фонтхилл в графстве Уилтшир и сахарные плантации на острове Ямайка. Это позволило ему свободно предаться занятиям искусством, коллекционерству и всевозможным странностям, которыми он отличался до самой смерти.
Бекфорд был бисексуален, известны несколько его романов с мужчинами, юношами и мальчиками.

В 1779 году в возрасте 19 лет Бедфорд накануне предстоящей вечеринки по случаю его совершеннолетия знакомится с 11-ти летним Уильямом «Котёнком» Кортни [Куртене] (William «Kitty» Courtenay, 1768-1835, ), считавшимся одним из самых красивых мальчиков в Англии. Кортни был четвертым из 14 детей (у него были только сёстры) В семье и среди друзей его называли «Котёнком». После смерти отца он получил титул 3-го виконта Кортни из Поудерема, позже добившись титула 9-го графа Девона.

5 мая 1783 года Бекфорд женился на леди Маргарет Гордон, дочери 4-го графа Aboyne.

В сентябре 1784 Бекфорд вместе с Уильямом Кортни и Луизой, дочерью Джорджа Питта и женой кузена Питера Бедфорда находился в замке Поудерем, принадлежащему отцу Уильяма Кортни, Уильяму, 2-му виконту Кортни, где и, согласно дневникам Джозефа Фарингтона [Joseph Farington ], который услышал это из уст художника Бенджамина Веста, завязался роман с Луизой. Тогда же и открылась длительная связь между «Котёнком» и Бекфордом.
Один из гостей дома подслушал перепалку между юным Кортни и Вильмом Бекфордом из-за какой-то записки Кортни. Что было в записки неизвестно, (существует предположение, что она была то ли любовнику «Котёнка», то ли от его любовника) но прочитав её, Бекфорд отправился к Хону [Почтенный - титул юного Кортни в то время], чтобы отхлестать его.

...was discovered by a letter carelessly dropped by young Mr Courtenay. Beckford, on discovering it, went to his [Courtenay's] room, and horsewhipped him, which created a noise, and the door being opened, Courtenay was discovered in his shirt, and Beckford in some posture or other—Strange story. (Farington, Diary, 4.1175)

...было обнаружено некое письмо, которое небрежно обронил юный господин Кортни. Бекфорд, обнаруживший его, пошел в его [Кортни] комнату, и отхлестал его, из-за чего создался шум, и когда дверь открылась, Кортни был обнаружен в одной рубашке, а Бекфорд в некоторой позе или что-то вроде этого - странная история. (Farington, Дневники, 4,1175)

Уильям Бекфорд, 1782, портрет работы Джорджа Ромни

Уильям Кортни, портрет работы неизвестного художника

Дядей Уильяма Куртене, лордом Лоуборо, была перехвачена любовная переписка между «Котёнком» и Уильямом Бекфордом, из которой следовало, что отношения длились порядка 5-ти лет (предположительно с 1779 года, буквально со дня их первой встречи). Лорд Лоуборо, будучи политическим противником Бекфорда, воспользовался  этим и начал в прессе кампанию против Бекфорда. Были высказаны намёки на гомосексуализм, в то время, как содомия тогда каралась смертью, но никаких обвинений Бекфорду никто никогда не предъявлял.
После того, как в обществе распространился слух о том, что он соблазнил несовершеннолетнего, Бекфорд с юной женой на время покинул Великобританию. Жена в 1786 году умерла при родах, оставив супругу двух дочерей.

Будучи в Португалии в 1793 году, (некоторое время он жил там и мечтал туда переселиться) Бекфорд влюбился в Джорджио Френки, певчего при дворе королевы Марии I, которого забрал с собой в Лондон.

Бекфорд был депутатом парламента в 1784-1793 и 1806-1820. Состояние позволило ему приобрести в Лозанне гигантскую библиотеку историка Эдуарда Гиббона и заказать для своих коллекций постройку Фонтхиллского аббатства, которое в готическом духе спроектировал по рисункам заказчика в 1807 известный архитектор Джеймс Уайет. Здесь Бекфорд жил вдали от всех, тщательно оберегая свое одиночество. В 1822 он продал запущенное родовое поместье и переселился в Бат, где другим модным архитектором Генри Гудриджем для него была выстроена башня, получившая впоследствии имя Бекфордова башня.
После смерти писатель был похоронен в кладбищенской земле лишь в 1848, а до того саркофаг с останками усопшего покоился, согласно его завещанию, на вершине кургана, специально возведенного в его владениях Лэнсдаун Крещент, — по обычаю вождей племени саксов, к потомкам которых он себя причислял.

По сложившейся традиции Бекфорд с женой совершил путешествие по Италии, Франции, Швейцарии и написал об этом книгу «Мечтания, путевые мысли и происшествия» (1783). Но самым известным его произведением стала написанная по-французски за три дня и две ночи волшебная сказка «Ватек» в модном духе «восточных» страшных историй (1782, в англ. переводе Сэмюэла Хенли изд. 1786); книга широко читалась и при этом ценилась взыскательными знатоками, предисловие к ее французскому переизданию написал Малларме.
Кроме того, перу Бекфорда принадлежит сатирическое сочинение «Воспоминания о необычайных живописцах» (1780), а также «Письма об Италии с заметками об Испании и Португалии» (1835). В 1796 году под псевдонимом леди Харриэт Марлоу была издана его пародийная книга «Современные романы, или Галантный поклонник» («Modern Novel Writing, or the Elegant Enthusiast»). В том же году Бекфорд пишет сатирический роман «Аземия» («Azemia: A Descriptive and Sentimental Novel») о злоключениях турчанки, привезенной в Англию и разлученной со своим возлюбленным, и публикует его в 1797 году, также под женским псевдонимом.
Признание
Книги Бекфорда переиздаются по сей день. Посвященные ему конференции и выставки проходят в Великобритании, Франции, Швейцарии, Испании, Португалии.